A 90-es években indult el a Notre-Dame teljes felújítása, melynek részeként új vezérlést és játszóasztalt kapott. 1990-1992 között 28 000 munkaórával a sípállományt megtisztították és további két új vízszintes trombitát építettek a homlokzatba. A vezérlést számítógép alapúvá tették.

A Notre-Dame nagyorgonája ma a világ egyik legjobb hangszere, 113 regiszteres és 5 manuálos. A három hivatalos orgonistája: Olivier Latry, Philippe Lefebvre és Jean-Pierre Leguay. Az Arte alábbi filmjében Olivier Latry szerepel.

.